Ik had iets dergelijks, oplossingen voor de 404 errors staan hier:
http://develop.woothemes.com/woocommerce/2014/02/solving-common-issues-after-updating-to-woocommerce-2-1/#404-errors-endpoints
Permalinks flushen als beschreven en het komt goed. was bij mij ook !!
Suc6