Problem solved!
I found this thread that explains it all:
http://wordpress.org/support/topic/limit-on-items-in-custom-menus-30?replies=9
Just ask your provider to set the suhosin.post.max_vars and suhosin.request.max_vars to a higher value, e.c. 5000
On my test server the Suhosin Extensions were not installed.
—-
samenvatting (Nederlands)
Als je het probleem tegenkomt dat de menubouwer die zit ingebouwd in WP3.0 – WP3.0.1 bij saven de onderste menu-items niet savet, neem dan contact op met je provider en vraag hem de waarden van suhosin.post.max_vars en suhosin.request.max_vars te verhogen naar bijv. 5000
Kijk voor meer info op bovenstaande link (in het Engels)
e-