htaccess werkt niet na upgrade

Ik heb de oude bestanden verwijderd en de nieuwe versie (2.6) geinstalleerd.
Alles ging goed, heb de oude instellingen van eerst weer ingevoerd en het werkte naar behoren. Tot ik mijn oude rechtstreekse url gebruikte. Dan krijg ik niet mijn site te zien. Ik heb de oude htaccess gemaakt naar behoren, maar als ik naar http://user.domein.nl ga lukt het niet meer. Ik moet nu http://www.domein.nl/user invullen.
Heeft iemand tips, want ik wil gewoon weer http://user.domein.nl kunnen gebruiken?
Groet
Raymond